一、植物基因组中的反转录转座子（论文文献综述）
王钦[1]（2021）在《植物逆转录病毒起源和进化的研究》文中研究指明逆转录病毒可在人类和动物中引起多种疾病,如艾滋病和癌症等。逆转录病毒和宏病毒（又被称为Ty3/Gypsy反转座元件）在结构和进化关系上十分接近。但逆转录病毒和宏病毒之间存在两个显着的结构差异:1)逆转录病毒能编码介导感染的被膜蛋白;2)逆转录病毒pol基因编码一个特殊的双核糖核酸酶H的结构域。有意思的是,植物有一类重要的宏病毒（Athila/Tat类反转座元件）独立地进化出了逆转录病毒类似的结构特征,Athila/Tat元件既能编码一个被膜类似蛋白又能编码双核糖核酸酶H结构域。由于和逆转录病毒之间的相似性,Athila/Tat反转座元件又被称为植物逆转录病毒。但是目前尚不清楚植物逆转录病毒是如何起源的。我们利用比较基因组学方法在106种代表性植物基因组中系统地挖掘了Athila/Tat元件,发现Athila/Tat元件存在于所有陆生植物基因组中,而在其它非陆生植物基因组中没有发现Athila/Tat元件的存在,这表明植物Athila/Tat元件起源于植物从水生到陆生的进化过程（登陆）中。植物Athila/Tat元件是陆生植物基因组的重要组成部分,在部分植物基因组中存在多达十万个拷贝。本研究又进一步在2000多种真核生物基因组中挖掘Athila/Tat类似元件,在真菌中的毛霉门和捕虫菌门的物种基因组中发现了Athila/Tat类似元件的存在,而部分毛霉门物种可以和植物的根建立共生关系,形成丛枝菌根。系统发生分析表明陆生植物Athila/Tat元件的多样性聚在真菌Athila/Tat类似元件的多样性中。这些证据都表明植物可能在登陆过程中从真菌通过水平基因转移获得了Athila/Tat元件。Athila/Tat元件似乎在植物和真菌基因组中活跃了数千万年。通过分析陆生植物Athila/Tat元件和真菌Athila/Tat类似元件的结构特征发现,真菌Athila/Tat类似元件不编码双核糖核酸酶H结构域,也不编码被膜类似蛋白,可能代表Athila/Tat元件的原始结构特征。进一步分析表明植物Athila/Tat元件的双核糖核酸酶H结构域是多次独立起源的。仅有一个支系的植物Athila/Tat元件获得被膜类似蛋白,形成所谓的植物逆转录病毒。这些结果表明Athila/Tat元件在从真菌水平转移到植物之后频繁地获得和丢失结构域并进化出多种形式,包括具有被膜蛋白和双核糖核酸酶H结构域的植物逆转录病毒。普遍认为真菌在早期陆生植物适应陆地环境过程中发挥了重要的作用,该研究为真菌和植物之间早期的密切关系提供了新的分子证据,表明真菌和植物之间的远古互作可能塑造了真菌和植物基因组的复杂性。总之,该研究解析了植物逆转录病毒的起源,为理解陆生植物转座元件的起源提供了新的视角。
虞莹玉[2]（2021）在《毛竹反转录转座子分子标记SSAP的开发与利用》文中提出毛竹（Phyllostachys edulis）分布广,种植面积大,是我国重要的非木材森林资源。反转录转座子在植物基因组中含量丰富,能够调控基因表达,改变基因组大小,是引起毛竹基因组多样性的一个重要因素。本文开发了5个SSAP（Sequence specific amplified polymorphism）分子标记,并将其应用于毛竹种下变型及毛竹实生苗的遗传多样性分析,为毛竹种质资源开发与利用提供可靠技术和理论依据。1、利用LTRharvest软件在毛竹基因组中鉴定出7 731个具有完整LTR序列的LTR反转录转座子,从中筛选出LTR序列相似性≥90%、拷贝数≥15且结构域完整的35个cluster,选取代表性序列5’LTR设计引物。选用野生型毛竹和龟甲竹（Ph.edulis（Carr.）H.de Lehaie‘Kikko-chiku’）基因组DNA检测引物位点扩增多态性和稳定性,通过测序确认,最终获得5对SSAP分子标记引物。2、将5个SSAP分子标记应用于野生型毛竹及其15个变型的遗传多样性分析。共扩增出83个多态性位点,平均多态位点比率为98.81%,多态性高于其他DNA分子标记。3、选取其中多态性较高（PIC>0.3）的3个SSAP分子标记（hic19G、hic26G和hic34G）,分析毛竹实生苗材料遗传多样性。（1）野生型毛竹半同胞实生苗的平均多态位点比率为96.67%,平均多态信息量（PIC）为0.37,Nei’s指数（H）为0.251 6,Shannon’s指数（I）为0.399 7。龟甲竹半同胞实生苗平均多态位点比率为93.02%,PIC为0.45,Nei’s遗传多样性为0.173 7,Shannon信息指数为0.267 5。经统计检验,野生型毛竹半同胞实生苗群体遗传多样性显着高于龟甲竹半同胞实生苗（P<0.05）,同时AMOVA方差分析显示多态性主要来源于种内变异（79%）（2）杂合毛竹实生苗平均多态位点比率为100%,平均多态信息量（PIC）为0.41,Nei’s指数（H）为0.275 2,Shannon’s指数（I）为0.430 6。经统计检验,杂合毛竹实生苗群体遗传多样性显着高于野生型毛竹半同胞实生苗（P<0.05）,AMOVA方差分析表明多态性主要来源于种内变异（81%）。4、利用hic19G、hic26G和hic34G这3个SSAP分子标记分析未开花毛竹与开花毛竹的遗传多样性,发现两个群体的平均多态位点比率（87.27%和87.93%）,平均PIC（0.46和0.44）,平均Nei’s遗传多样性（0.225 4和0.234 4）及平均Shannon信息指数（0.348 1和0.365 8）都比较接近。经统计检验,证实两个群体间差异不显着（P<0.5）。5、PHRE1是本课题组鉴定的具有转座活性的毛竹反转录转座子,本研究利用SSAP技术分析了PHRE1转基因拟南芥的插入位点多态性,结果表明,在热胁迫（42℃）处理的转基因拟南芥基因组DNA中鉴定出多态性条带,测序发现PHRE1在拟南芥中发生了转座,说明SSAP技术也可以应用于检测反转录转座子的活动。利用hic19G、hic26G和hic34G这3个SSAP分子标记分析冷和热胁迫处理和未处理野生型毛竹半同胞实生苗遗传多样性,结果表明冷胁迫处理和未处理的野生型毛竹半同胞实生苗平均多态位点比率分别为98.33%和95.83%;热胁迫处理和未处理的野生型毛竹半同胞实生苗平均多态位点比率分别为98.48%和96.23%。经统计检验,胁迫处理和未处理两个群体间差异显着（P<0.01）,冷和热胁迫处理后,半同胞毛竹实生苗的多态性增加,这可能是冷和热胁迫激活了竹子中的LTR反转录转座子,引起多态性增加。综上所述,本研究共开发了5个稳定高效的SSAP分子标记,分别应用于毛竹变型、半同胞实生苗、杂合实生苗、开花毛竹、未开花毛竹以及冷和热胁迫处理毛竹实生苗的遗传多态性分析,结果表明SSAP分子标记可以灵敏区分毛竹种下水平遗传多样性,高于传统的DNA分子标记。SSAP分子标记多样性统计结果也表明杂合毛竹实生苗相比较半同胞实生苗具有更高的遗传多样性,开花毛竹与未开花毛竹的遗传多样性没有显着差异,冷和热胁迫处理后毛竹实生苗的遗传多态性有所增加,可能是由于SSAP是基于LTR反转录转座子插入位点开发的DNA分子标记,毛竹中LTR反转录转座子如果发生转座,就会引起多态性增加,所以SSAP技术也可以应用于检测反转录转座子的活动。
李新玉[3]（2021）在《代表性被子植物基因组膨胀研究》文中进行了进一步梳理植物基因组中有大量的重复序列,尤其是LTR（long terminal repeat）反转座子的含量尤为丰富,使基因组大小呈现很大差异。选取了11个代表性被子植物,探究各物种是否在LTR反转录转座子的作用下发生基因组膨胀。对基因组中的重复序列进行了注释,并且对LTR反转录转座子进行了统计分析,发现基因组大小与重复序列的比例存在很大的相关性,基因组越大的物种,重复序列所占基因组的比例越高,同一科不同物种之间基因组大小差异,很可能是在植物基因组进化过程中重复序列的扩增和删除引起的。对基因组中的完整LTR反转录转座子进一步进行注释,使用Python脚本进行数据统计分析。发现基因组越大的物种完整的反转录转座子数量越多,并且完整的Gypsy反转座子的数量要高于Copia转座子。但是,在大豆基因组中,Copia转座子的数量较多,大豆基因组中的Copia转座子可能发生了爆发事件。使用R编程语言中的TE程序包对不同物种的基因组大小的完整的反转录转座子进行插入和删除的动态分析。结果表明,不同物种的基因组大小呈现基因组膨胀、基因组收缩和基因组维持稳定等不同的进化趋势。对同一科不同物种的完整的反转录转座子进行序列比对,结果表明,各物种之间保留的相似度较高的转座子数量较少,同一科不同物种之间基因组大小进化的相关性较弱。课题对代表性被子植物基因组大小进化进行的分析,能够帮助理解植物基因组中重复序列的分布进化情况,为植物基因组大小进化的研究提供重要理论参考。图15幅;表12个;参92篇。
陈娅欣,周明兵[4]（2021）在《毛竹长末端重复序列反转录转座子的全基因组特征及进化分析》文中研究表明【目的】研究毛竹Phyllostachys edulis基因组中的长末端重复序列反转录转座子（long terminal repeat retrotransposons, LTR-REs）的特征,为今后利用LTR反转录转座子对毛竹基因组的功能和对竹种资源遗传多样性的研究奠定基础。【方法】通过生物信息学方法,利用LTRharvest和RepeatMakser软件对第2版毛竹基因组中的LTR反转录转座子进行全面注释与分类,并对得到的LTR反转录转座子的分布特征、进化特性和插入时间进行分析。【结果】在毛竹基因组中共注释得到1 014 565个LTR反转录转座子,1 562个家族,占毛竹基因组的54.97%。其中solo LTR反转录转座子与完整LTR反转录转座子（S/F）的比例较高（约1.77∶1.00）,表明在毛竹LTR反转录转座子中可能发生了相对较高频率的非法重组和不平衡重组。毛竹LTR反转录转座子分为Ty1-copia和Ty3-gypsy超家族,Tork、Reftrofit、Sire、Oryco、Del、Reina、Crm、Tat、Galadriel、Athila等10个谱系。毛竹LTR反转录转座子的Ty1-copia和Ty3-gypsy超家族对PBS位点的偏好性呈相反趋势,较长的LTR反转录转座子具有更长的LTR序列,结构也更加完整。毛竹LTR反转录转座子的插入时间主要集中在0～2.0 Ma,且还处于不断缓慢增长的状态。【结论】第2版毛竹基因组的高质量组装,能更好地注释和分析毛竹基因组中的LTR反转录转座子。基于结构预测的LTRharvest法,能更精准地预测毛竹LTR反转录转座子。不同谱系的毛竹LTR反转录转座子在进化过程中具有不同的分化和扩增活性。毛竹LTR反转录转座子总体上处于不断扩增状态,这是导致毛竹基因组较大的主要原因之一。图3表3参52
尹晓凡[5]（2021）在《苜蓿LTR反转录转座子分析及IRAP分子标记开发》文中研究表明植物种质资源保护、鉴定、利用等方面与分子标记开发及遗传多样性研究密切相关。苜蓿品种之间遗传差异的降低使得依据传统经验和直观的表型鉴定变得愈加困难。紫花苜蓿（Medicago sativa L.）作为最重要和广泛种植的豆科牧草,且具有较高的营养和经济价值,对于其种质资源的开发利用对加速其育种进程具有重要意义。在苜蓿育种过程中,利用分子标记可大大提高品种鉴定的准确性和育种效率。长末端重复序列（Long terminal repeat,LTR）反转录转座子在植物基因组中广泛分布,基于其开发的各类分子标记具有良好的多态性、稳定性和高信息量等优势,被广泛用于物种品种鉴定、种质资源评价等方面。本研究基于蒺藜苜蓿和紫花苜蓿基因组数据,对LTR反转录转座子进行了开发、鉴定、分析及应用,并基于两者LTR数据结合反转录转座子插入位点间扩增多态性（IRAP）分子标记分别对40份国内外紫花苜蓿种质资源在遗传多样性等各个维度进行了评价。主要研究结果如下:1.分别在蒺藜苜蓿和紫花苜蓿基因组水平鉴定、分析和筛选了LTR反转录转座子。基于蒺藜苜蓿信息共鉴定出431个潜在的LTR反转录转座子,其中Gypsy家族105个、Copia家族96个、其余未知230个。这些反转录转座子在各个染色体上均有分布,其中Gypsy和Copia家族比率为1.09。相同方法,基于紫花苜蓿信息共鉴定筛选出2,283个潜在LTR,其中Gypsy家族603个、Copia家族326个、其余未知1,354个,其中Gypsy和Copia家族比率为1.85。2.从蒺藜苜蓿和紫花苜蓿基因组水平分别设计开发了大量LTR反转录转座子间扩增多态性（IRAP）标记,并对40份紫花苜蓿种质资源进行了遗传多样性分析。基于蒺藜苜蓿LTR数据,按照其染色体位置信息共获得69对IRAP引物。对国内外40份紫花苜蓿种质资源进行了遗传多样性评价与应用,筛选出37对多态性引物组合共扩增出总条带数（Total bands,TB）325个,平均每个标记可产生8.8个,多态性条带（Polymorphic bands,PB）268个;多态性条带比率（Percentage of polymorphic bands,PPB）从50%到100%不等,平均值为79.9（4）;多态信息含量（Polymorphic information content,PIC）的范围为0.34-0.88,平均值为0.69。蒺藜苜蓿37对多态性引物组合间,C3-G4与C6-G4之间引物相关性最高,相关系数达到0.95,说明两者扩增出的带型最为相似,带型分布差异最小;引物C2-C1与C2-G2、C2-G4之间相关系数为-0.31,说明C2-C1分别与两对引物之间带型排布相关性差异最大。聚类分析（UPGMA）中以0.82为阈值可将40份供试材料分为4类,其分组结果与不同材料地理分布信息以及STRUCTURE结构分析相对一致。根据紫花苜蓿LTR数据随机选择了15个上游和下游引物,随机组合共产生225对IRAP引物。筛选出18对多态性引物组合,扩增出总条带数（TB）221个,每个标记平均可产生12.3个;多态性比率（PPB）从42.9%到100%,平均值为79.8（4）,与蒺藜苜蓿多态性比率（79.9%）相似;多态信息含量（PIC）的范围为0.67至0.91,平均值为0.85,高于蒺藜苜蓿平均PIC值（0.69）。18对引物组合间,引物F4-R10与F4-R9之间相关性最高,相似系数达到0.84,说明两对引物之间扩增出的带型最相似,差异最小;而引物F4-R3与F4-R9之间,相关性最差（-0.19）,结合后可区分出更多的品种;引物F4-R3与F3-R15相关性系数也达到了-0.18,同时F4-R3与F3-R14之间相关性系数也达到了-0.13。聚类分析（UPGMA）中以0.79为阈值可将40份供试材料分为4类,其分组结果与不同材料地理分布信息以及STRUCTURE结构分析也相对一致。本研究首次在蒺藜苜蓿和紫花苜蓿基因组水平上开发了基于LTR反转录转座子的IRAP分子标记,并对其在紫花苜蓿种质资源中的应用进行了评价。获得的大量IRAP分子标记可对后续苜蓿品种的鉴定保护以及遗传背景分析提供技术支撑。
罗昌斌,范付华,尚先文[6]（2021）在《枇杷LTR类反转录转座子RT序列的克隆及分析》文中研究指明【目的】揭示枇杷LTR类反转录转子座RT序列在枇杷基因组中的异质性,为枇杷转座子进化和多样性研究提供依据。【方法】以普通枇杷野生种质的叶片为材料,通过简并引物从枇杷基因组中扩增得到Ty1-copia和Ty3-gypsy类反转录转座子反转录酶序列,并对其序列变化特点进行生物信息学分析。【结果】最终获得38条Ty1-copia类RT序列和24条Ty3-gypsy类反转录转座子RT序列。其中Ty1-copia类反转录转座子RT序列的长度为257～266 bp,序列相似率为22.6%～97.6%,聚类结果显示,其核苷酸序列存在Maxium、TAR和Angela 3个支系。将核酸序列翻译为氨基酸后,有4条序列发生移码突变,12条序列发生终止密码子突变。Ty3-gypsy类反转录转座子RT序列的长度为429～438 bp,序列相似率为48.1%～99.3%,聚类结果显示,其核苷酸序列存在Tat和Reina2个支系。将核酸序列翻译为氨基酸后,有3条序列发生移码突变,7条序列发生终止密码子突变。对序列同义突变率与非同义突变率的分析结果显示,枇杷Ty1-copia和Ty3-gypsy类RT序列dN/dS均小于1。与其他植物反转录转座RT氨基酸序列进行比对,发现枇杷、梅、苹果、李可能具有共同起源。【结论】所获得的枇杷反转录转座子反转录酶氨基酸序列具有高度异质性,序列在进化过程中受到纯化选择的作用。对不同物种反转录转座RT氨基酸序列进行比对,结果表明,反转录转座子在枇杷和其他物种间可能存在横向传递。
陈春舟[7]（2020）在《CR元件在小麦族的分布及偏穗鹅观草ChIP-seq分析》文中提出着丝粒是真核生物染色体上的一个特殊结构,其功能在不同真核生物中是保守的,但结构却千差万别。着丝粒在整个细胞周期中一直处于凝聚状态,使该区重组交换率低于其它染色体区域,DNA序列在进化上保存的较为完整。着丝粒是多倍体进化中不同基因组协调统一的重要区域之一,对其进行研究不仅有助于对多倍体的形成和进化有更进一步的认识,且对远缘杂交过程中新种质的形成机理有更深入的了解。鹅观草属植物已在远缘杂交育种中获得了较大成果,其中,偏穗鹅观草经鉴定对条锈病免疫,可对小麦进行遗传改良,对其着丝粒构成和与普通小麦间的亲缘关系进行研究可为小麦族物种在小麦遗传改良上的利用提供理论依据。本课题组前期研究表明,反转录转座子Fatima元件与Wegl元件在小麦着丝粒或近着丝粒区存在,且在小麦ABD基因组进化中存在差异。本研究对偏穗鹅观草中的上述元件进行研究,并以普通小麦及其它小麦族物种为材料,探讨这两个元件在小麦族物种上的分布规律及偏穗鹅观草St、Y基因组与小麦A、B、D基因组间的亲缘关系;同时对偏穗鹅观草进行ChIP-seq分析,以期找到偏穗鹅观草着丝粒功能序列,为研究多倍体的形成和进化提供依据。本研究主要获得如下结果:1.在偏穗鹅观草中同源克隆Fatima元件,并与小麦中的Fatima元件进行序列比对,显示两者序列相似性在80%左右。FISH分析结果显示,Fatima元件在小麦A、B基因组着丝粒及染色体臂上呈弥散分布,B基因组含量大于A基因组;在偏穗鹅观草中,Fatima元件在Y基因组和St基因组着丝粒区与染色体臂上均有分布,该元件在Y基因组中的丰度高于St基因组;此外,在禾本科东方小麦、栽培一粒小麦、乌拉尔图小麦和簇毛麦中均有Fatima元件存在,我们推测Fatima在禾本科中为古老的CR元件,进化中不同基因组出现丰度变异。2.从偏穗鹅观草中克隆的Wegl元件与普通小麦相似性极低,在偏穗鹅观草与小麦族植物的着丝粒区富集,前期在六倍体小麦中发现Wegl元件可能并未参与功能着丝粒的形成,下一步我们将通过ChIP验证Wegl是否为着丝粒功能元件。3.对偏穗鹅观草进行ChIP分析表明小麦着丝粒功能序列CRW在偏穗鹅草着丝粒中仍然发挥着着丝粒功能序列的作用。4.偏穗鹅观草与小麦CENH3具有良好的结合能力,这可为偏穗鹅观草染色体和小麦染色体之间发生重组创造机会。
郭靖宇[8]（2020）在《小麦中国春全基因组转座元件的特征分析》文中研究指明转座元件也称为转座子,是一类具有跳跃能力的DNA序列。这类序列广泛分布在动植物基因组中,是基因组的主要组成部分,通过多种方式转座至基因组的其他位置从而影响下游基因表达或产生新的基因组片段,是产生变异的重要途径之一。研究转座子的特点和功能有助于认识基因组成分,并了解其在物种进化中发挥的作用。小麦中国春是异源六倍体物种,基因组庞大且主要由转座子构成,全基因组序列的获得加速了对转座子的认识,从而进一步了解小麦基因组的特征和功能以及进化过程中的多样性和保守性。中国春种植广泛,适应性强,是当前主要的粮食作物,对基因组成分的深入研究对进一步提高产量和改良品质具有重要意义。本研究比较了已有的计算分析方法,对小麦中国春基因组中的转座子进行了注释和综合分析。利用序列同源性的原理,将转座子文库中的序列和参考基因组比对,整合位置信息对中国春基因组进行转座子注释。结果发现,转座子在基因组中所占比例约为80%,主要由Gypsy,Copia,CACTA三类转座子组成。不同的亚基因组之间比较,转座子的类型和含量呈现相似的分布,总体上A亚基因组中的转座子含量较高,D亚基因组中转座子含量较低。基因组中大于90%的转座子分布在基因间区,使得重要基因不受影响正常表达;但仍有部分转座子分布在基因上游或基因内部。并且注释了小麦基因组中的微型转座元件,数量较少,倾向于分布在基因附近。根据反转录转座子的结构特征和序列计算进化过程中各家族转座子的插入时间。结果表明Gypsy的插入时间早于Copia,整体上染色体两端的转座子更年轻。对祖先种的二倍体,四倍体小麦使用上述方法进行全基因组转座子注释,发现在六倍体中各亚基因组与祖先种中的转座子含量和类型相比没有显着差异。研究从转座子改变基因组结构和调控基因表达两方面探究了转座子的功能。Gypsy和Copia具有相似的3’转导（3’transduction）能力,使下游序列复制在基因组多个位置推动基因组进化。根据表观遗传学特征,基因组按照不同的染色质状态被分为15个类型,转座子富集到H3K9二甲基化和H3K27三甲基化表观遗传标记,并具有较高的DNA甲基化水平,其中受到H3K27三甲基化修饰的转座子倾向于分布在基因附近。通过以上的分析,本研究得到了中国春及其祖先种基因组中转座子的注释结果。与祖先种相比较,转座子在各基因组中含量和类型基本一致。不同家族的转座子结构特征不同,靶基因功能也不同。转座子在进化过程中主要经历了序列突变和片段丢失,基因组整体的转座子在多倍化过程中没有较大改变。六倍体小麦中大部分的转座子受到了多种组蛋白修饰和DNA甲基化的抑制,与其功能密切相关。生物信息学方法作为重要的研究手段,实现了在全基因组范围的大规模分析和多组学数据的整合分析。了解转座子的特征对研究其相关的生物学过程及功能来说是至关重要的基础研究。
李博[9]（2020）在《柽柳（Tamarix chinensis Lour.）LTR类反转座子反转录酶序列的克隆与分析》文中进行了进一步梳理LTR类反转座子在植物基因组的丰度、进化、结构和功能上起到了重要的作用。柽柳（Tamarix chinensis Lour.）作为一种优秀的耐盐碱耐旱的生态修复植物,其LTR类反转座子的研究未见报道。本实验以柽柳为实验材料,利用CTAB法提取DNA,利用简并引物对LTR类反转座子反转录酶序列进行扩增并进行扩增子测序。分别得到93602条Ty1-copia反转座子的RT序列,121185条Ty3-gypsy反转座子的RT序列。经筛选后序列进行相似度93%的聚类分析,最终获得具有反转座子代表性的Ty1-copia反转座子RT核苷酸序列629个,命名为TCcopia1TCcopia629;Ty3-gypsy反转座子RT核苷酸序列607个,命名为TCgypsy1TCgypsy607。Ty1-copia反转座子RT核苷酸序列的长度为261bp291bp,Ty3-gypsy反转座子RT核苷酸序列的长度为390bp474bp,二者皆富含AT序列,Ty1-copia反转座子RT核苷酸序列的AT/GC值在1.092.43之间,Ty3-gypsy反转座子RT核苷酸序列的AT/GC值在0.982.48之间。ClustalW序列同源性比对的结果显示,柽柳Ty1-copia反转座子RT序列间的核酸相似度为21.01%92.83%,柽柳Ty3-gypsy反转座子RT序列的核酸相似度为17.98%92.80%;其中有Ty1-copia反转座子中有420条序列含有终止子插入,Ty3-gypsy反转座子中有486条序列含有终止子插入,这可能是柽柳LTR类反转座子高度异质性产生的原因。无终止子的Ty1-copia反转座子RT氨基酸序列含有“QMDVKT”、“YVDDM”、“FLNGDL”以及“SLYGLKQA”四个保守域;无终止子的Ty3-gypsy反转座子RT氨基酸序列含有“MCVDY”,“LYAKLXKC”,“KTAFRT”,“DLRSGYHQ”以及“VMPFGLTNAP”五个保守域。柽柳的Ty1-copia反转座子主要分布在四个家族,分别为Angela,Ale,Ivana和TAR家族,其中TAR家族所含有的转座子数量最多;Ty3-gypsy反转座子主要分布在三个家族,分别为Del、Reina、和CRM家族,其中Del家族和Reina家族为Ty3-gypsy反转座子的主要组成。柽柳的反转座子与红树、野生马铃薯、阳芋的进化距离较近,可能发生了水平转移。本实验为进一步研究柽柳反转座子转录活性和功能奠定基础,也为开发柽柳反转座子分子标记提供帮助,同时为柽柳与其它物种的进化关系和遗传变异研究提供新信息。
欧阳凯[10]（2020）在《芸薹属植物功能着丝粒序列组成及进化分析》文中研究指明着丝粒是真核生物染色体上一个特殊的元件,在细胞分裂过程为动粒蛋白复合体提供组装位点,对染色体形态的维持与准确配对分离起至关重要作用。相对于着丝粒的保守功能而言,其DNA序列在不同物种中快速进化。芸薹属植物包含三个二倍体基本种及三个两两杂交得到的异源四倍体种,是研究多倍体演化的理想材料。对芸薹属着丝粒序列的研究,有助于加深人们对物种多倍体演化的理解,同时能够为芸薹属植物基因组组装提供一定的参考价值。本研究利用芸薹属植物着丝粒特异组蛋白CENH3的抗体对功能着丝粒区域进行识别,并通过染色质免疫共沉淀结合二代测序（Ch IP-seq）技术获取芸薹属六个种的功能着丝粒区DNA序列信息,并利用荧光原位杂交（FISH）技术对芸薹属六个种的着丝粒特异重复序列进行鉴定分析,得到以下结果（1）评估了芸薹属六个种的重复序列在基因组的占比,发现芸薹属植物基因组中重复序列的占比均高达89%以上。（2）分别获得了六个种着丝粒特异的重复序列。其中白菜（B.rapa,AA,2n=20）有4条,黑芥（B.nigra,BB,2n=16）有13条,甘蓝（B.oleracea,CC,2n=18）有8条,芥菜型油菜（B.juncea,AABB,2n=36）有13条,甘蓝型油菜（B.napus,AACC,2n=38）有8条,埃塞俄比亚芥（B.carinata,BBCC,2n=34）有14条。（3）分析比较六个种着丝粒特异重复序列发现,白菜（B.rapa,AA,2n=20）与甘蓝（B.oleracea,CC,2n=18）的大部分着丝粒序列具有相似性,而黑芥（B.nigra,BB,2n=16）仅有2条序列与白菜或甘蓝相似。三个四倍体种仅发现埃塞俄比亚芥（B.carinata,BBCC,2n=34）中有一条着丝粒序列是四倍体化后获得的,其他着丝粒序列均来源于其对应的二倍体祖先种。此外,除黑芥外,其他五个种中均有相对保守的串联重复序列。并且发现在芸薹属植物着丝粒的反转录转座子中,LTR/Copia类占比较高。本研究的开展使得人们对芸薹属功能着丝粒的序列组成与演化有较全面的认知,同时,可为多倍体化过程中着丝粒序列的变化规律提供一定参考。此外,本研究还可为芸薹属植物基因组着丝粒区序列的组装提供一定的参考。
二、植物基因组中的反转录转座子（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、植物基因组中的反转录转座子（论文提纲范文）
（1）植物逆转录病毒起源和进化的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1 逆转录类病毒简介 |
| 1.1 逆转录类病毒的分类 |
| 1.2 逆转录类病毒的基因组结构 |
| 2 逆转录转座子 |
| 2.1 转座子简介 |
| 2.2 转座子的分类 |
| 2.3 LTR反转录转座子 |
| 2.4 LTR反转录转座子的转座机制 |
| 2.5 LTR反转录转座子对植物基因组进化的影响 |
| 3 Athila/Tat逆转录病毒的研究进展 |
| 4 植物的分类及陆生植物起源 |
| 5 水平基因转移在植物进化中的作用 |
| 5.1 水平基因转移 |
| 5.2 水平基因转移与植物登陆 |
| 6 本研究内容和意义 |
| 第2章 植物中Athila/Tat逆转录病毒的挖掘和多样性研究 |
| 1 材料方法 |
| 1.1 植物基因组数据获取 |
| 1.2 植物中Athila/Tat反转座元件的挖掘 |
| 2 结果 |
| 2.1 Athila/Tat逆转录病毒广泛分布于陆生植物中 |
| 2.2 植物Athila/Tat逆转录病毒的多样性和分类 |
| 3 讨论 |
| 第3章 陆生植物Athila/Tat逆转录病毒的起源 |
| 1 材料方法 |
| 1.1 真核生物基因组中Athila/Tat类似元件的挖掘 |
| 2 结果 |
| 2.1 Athila/Tat反转座元件在真核生物中的分布 |
| 2.2 陆生植物、卵菌和真菌中Athila/Tat逆转录转座子的系统发生关系 |
| 2.3 Athila/Tat逆转录转座子的传播模式 |
| 3 讨论 |
| 第4章 Athila/Tat逆转录类病毒的进化模式 |
| 1 材料方法 |
| 1.2 Athila/Tat逆转录类病毒的进化动力 |
| 1.3 Athila/Tat逆转录元件基因组结构分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 Athila/Tat逆转录类病毒的扩增动力 |
| 2.2 Athila/Tat反转座元件基因组结构的动态演化 |
| 2.3 aRNH结构域的多样性进化 |
| 3 讨论 |
| 第5章 全文总结 |
| 附录 |
| 在读期间发表的学术论文及研究成果 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（2）毛竹反转录转座子分子标记SSAP的开发与利用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 引言 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 毛竹的价值及其遗传多样性研究的意义 |
| 1.1.1 毛竹的价值 |
| 1.1.2 DNA分子标记在竹子遗传多样性研究和鉴别上的应用 |
| 1.2 转座子 |
| 1.2.1 转座子的分类 |
| 1.2.2 反转录转座子的结构特征及分类 |
| 1.2.3 反转录转座子的分布 |
| 1.2.4 反转录转座子高拷贝性 |
| 1.2.5 反转录转座子高异质性 |
| 1.2.6 反转录转座子的活性及影响因素 |
| 1.2.7 反转录转座子对基因与基因组的影响 |
| 1.3 基于反转录转座子的DNA分子标记及其原理 |
| 1.4 本课题研究的目的和意义 |
| 1.5 本课题研究的技术路线 |
| 2 适用于SSAP分子标记的LTR反转录转座子的筛选 |
| 2.1 实验方法 |
| 2.1.1 毛竹具有完整LTR序列的LTR反转录转座子鉴定和拷贝数分析 |
| 2.1.2 毛竹具有完整LTR序列的LTR反转录转座子结构分析 |
| 2.1.3 毛竹具有完整LTR序列的LTR反转录转座子的插入时间分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 具有完整LTR序列的LTR反转录转座子鉴定与结构特性分析 |
| 2.2.2 具有完整LTR序列的LTR反转录转座子插入时间分析 |
| 2.2.3 适用于SSAP分子标记开发的LTR反转录转座子的筛选 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 具有完整LTR序列的LTR反转录转座子鉴定与插入时间分析 |
| 2.3.2 适用于SSAP分子标记开发的LTR反转录转座子的筛选 |
| 3 SSAP分子标记引物筛选与体系优化 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 DNA提取 |
| 3.2.2 限制性内切酶的选择 |
| 3.2.3 PCR体系优化及引物的筛选 |
| 3.2.4 LTR反转录转座子片段的克隆和测序 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 毛竹和龟甲竹叶片DNA提取 |
| 3.3.2 限制性内切酶的选择 |
| 3.3.3 PCR体系的优化及引物的选择 |
| 3.3.4 LTR反转录转座子片段的克隆和测序 |
| 3.4 讨论 |
| 4 毛竹变型的SSAP分子标记遗传多样性分析 |
| 4.1 实验材料 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 DNA提取、酶切和接头连接 |
| 4.2.2 引物设计 |
| 4.2.3 PCR扩增、电泳、回收和测序 |
| 4.3 遗传数据统计 |
| 4.4 结果与分析 |
| 4.4.1 野生毛竹及其15 个变型的遗传多态性分析 |
| 4.4.2 测序确认 |
| 4.4.3 遗传统计 |
| 4.4.4 SSAP分子标记插入位置分析 |
| 4.5 讨论 |
| 4.5.1 SSAP分子标记是一个高效的DNA分子标记 |
| 4.5.2 SSAP分子标记插入位置分析 |
| 5 毛竹实生苗的SSAP遗传多样性分析 |
| 5.1 实验材料 |
| 5.2 实验方法 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.4 讨论 |
| 5.4.1 杂合毛竹实生苗遗传多样性高于半同胞毛竹实生苗 |
| 5.4.2 野生型毛竹半同胞实生苗遗传多样性高于龟甲竹半同胞实生苗 |
| 5.4.3 实生苗群体内遗传多样性大于群体间遗传多样性 |
| 6 开花与不开花毛竹的SSAP遗传多样性分析 |
| 6.1 实验材料 |
| 6.2 实验方法 |
| 6.3 结果与分析 |
| 6.4 讨论 |
| 7 SSAP分子标记检测转座子活动 |
| 7.1 检测转基因拟南芥中PHRE1转座子的活动 |
| 7.1.1 实验材料 |
| 7.1.2 实验方法 |
| 7.1.3 结果与分析 |
| 7.2 高低温胁迫处理毛竹实生苗的SSAP遗传多样性分析 |
| 7.2.1 实验材料 |
| 7.2.2 实验方法 |
| 7.2.3 结果与分析 |
| 7.3 讨论 |
| 8 总结与展望 |
| 参考文献 |
| 个人简介 |
| 致谢 |
（3）代表性被子植物基因组膨胀研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 研究背景及意义 |
| 1.2 植物基因组大小研究现状 |
| 1.3 基因组大小的影响因素 |
| 1.3.1 多倍化 |
| 1.3.2 重复序列 |
| 1.4 重复序列的研究方法 |
| 1.4.1 转座元件的查找 |
| 1.4.2 串联重复序列的查找 |
| 1.4.3 转座子插入时间的计算方法 |
| 1.5 小结 |
| 第2章 各物种重复序列的注释分析 |
| 2.1 数据材料 |
| 2.2 研究方法 |
| 2.3 结果分析 |
| 2.4 小结 |
| 第3章 反转座子的注释分析 |
| 3.1 研究方法 |
| 3.2 结果分析 |
| 3.2.1 反转录转座子的数量统计分析 |
| 3.2.2 反转录转座子的长度统计分析 |
| 3.2.3 反转录转座子插入时间的统计分析 |
| 3.2.4 近期插入的反转录转座子的统计分析 |
| 3.3 小结 |
| 第4章 反转座子插入与删除的动态分析 |
| 4.1 研究方法 |
| 4.2 结果分析 |
| 4.2.1 转座子插入时间的动态分析 |
| 4.2.2 转座子插入速率的动态分析 |
| 4.3 小结 |
| 第5章 物种间反转座子相似性分析 |
| 5.1 数据处理 |
| 5.2 结果分析 |
| 5.2.1 禾本科植物基因组中反转座子的相似性分析 |
| 5.2.2 十字花科植物基因组中反转座子的相似性分析 |
| 5.2.3 豆科植物基因组中反转座子的相似性分析 |
| 5.3 小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 在学期间研究成果 |
（5）苜蓿LTR反转录转座子分析及IRAP分子标记开发（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 引言 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 反转录转座子研究进展 |
| 1.1.1 LTR反转录转座子的起源与进化 |
| 1.1.2 LTR反转录转座子的结构、特征与分类 |
| 1.1.3 LTR反转录转座子的转录机制 |
| 1.1.4 LTR反转录转座子的功能 |
| 1.1.5 基于LTR反转录转座子的分子标记及应用 |
| 1.2 苜蓿遗传多样性研究进展 |
| 1.2.1 紫花苜蓿概况 |
| 1.2.2 蒺藜苜蓿概况 |
| 1.2.3 紫花苜蓿遗传多样性研究 |
| 1.3 本研究的目的意义和技术路线图 |
| 1.3.1 本研究的目的和意义 |
| 1.3.2 技术路线图 |
| 第二章 苜蓿LTR反转录转座子分析与开发 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 数据来源 |
| 2.1.2 LTR预测 |
| 2.1.3 引物设计与合成 |
| 2.1.4 引物分类 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 LTR反转录转座子鉴定与分类 |
| 2.2.2 LTR反转录转座子在染色体上的分布 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 苜蓿IRAP分子标记在紫花苜蓿种质遗传多样性分析中的应用 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 DNA提取与检测 |
| 3.1.3 PCR扩增与凝胶电泳 |
| 3.1.4 引物多态性分析 |
| 3.1.5 引物相关性分析 |
| 3.1.6 遗传统计和聚类分析 |
| 3.1.7 种群结构分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 IRAP标记多态性分析 |
| 3.2.2 引物间扩增结果相关性分析 |
| 3.2.3 UPGMA聚类分析 |
| 3.2.4 STRUCTURE种群结构分析 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 结论及展望 |
| 4.1 结论 |
| 4.2 创新点 |
| 4.3 研究展望 |
| 参考文献 |
| 在学期间的研究成果 |
| 致谢 |
（6）枇杷LTR类反转录转座子RT序列的克隆及分析（论文提纲范文）
| 1 材料和方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 RT序列的PCR扩增 |
| 1.3 PCR产物的回收、克隆以及测序 |
| 1.4 RT序列分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 RT序列PCR扩增结果以及序列特征 |
| 2.2 Ty1-copia类RT序列及系统进化分析 |
| 2.3 Ty3-gypsy类RT序列及系统进化分析 |
| 2.4 Ty1-copia和Ty3-gypsy类反转录转座子RT序列同义突变率与非同义突变率分析 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
（7）CR元件在小麦族的分布及偏穗鹅观草ChIP-seq分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| SUMMARY |
| 缩略词表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.1.1 植物着丝粒的研究进展 |
| 1.1.2 小麦族物种的研究进展 |
| 1.1.3 外源遗传物质的鉴定 |
| 1.1.4 特异DNA序列的鉴定 |
| 1.1.5 小麦族物种着丝粒区的研究进展 |
| 1.2 研究内容及意义 |
| 1.3 技术路线 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 主要仪器 |
| 2.1.3 主要试剂 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 CR元件在小麦族物种中的分布规律 |
| 2.2.2 偏穗鹅观草ChIP-seq分析 |
| 第三章 结果与分析 |
| 3.1 偏穗鹅观草中CR元件的同源克隆 |
| 3.2 CR元件在小麦族物种中的分布 |
| 3.2.1 植物有丝分裂中期染色体标本 |
| 3.2.2 Fatima元件在小麦族物种中的分布特点 |
| 3.2.3 Wegl元件在小麦族物种中的分布特点 |
| 3.3 小麦CRW在偏穗鹅观草中的ChIP分析 |
| 3.3.1 偏穗鹅观草ChIP-DNA检测结果 |
| 3.3.2 ChIP-qPCR引物筛选结果 |
| 3.3.3 偏穗鹅观草中CRW ChIP分析相对富集倍数的计算 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 反转录转座子分析 |
| 4.2 St与Y基因组的研究进展 |
| 4.3 偏穗鹅观草基因组的鉴定 |
| 4.4 ChIP技术鉴定着丝粒功能序列 |
| 第五章 结论及后续研究展望 |
| 5.1 全文结论 |
| 5.2 后续研究展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 作者简介 |
| 在读期间发表论文和研究成果等 |
| 导师简介 |
（8）小麦中国春全基因组转座元件的特征分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 1.引言 |
| 1.1 .转座子的发现及分类 |
| 1.2 .转座子的转座机制 |
| 1.3 .高通量测序技术简介 |
| 1.4 .转座子注释方法简介 |
| 1.5 .转座子的表观调控机制 |
| 1.5.1 .染色质修饰对转座子的调控 |
| 1.5.2 .RNA干扰介导转座子沉默 |
| 1.6 .转座子对基因组的影响 |
| 1.6.1 .转座子影响基因组组成 |
| 1.6.2 .转座子调控基因表达 |
| 1.7 .小麦基因组中的转座子研究进展 |
| 2.材料与方法 |
| 2.1 .分析数据准备 |
| 2.1.1 .基因组和转座子文库准备 |
| 2.1.2 .表观组学数据准备 |
| 2.2 .对基因组进行转座子注释 |
| 2.2.1 .利用序列同源性注释基因组转座子 |
| 2.2.2 .利用从头注释的方法注释基因组中LTR-RTs |
| 2.2.3 .基因组中MITE的注释 |
| 2.2.4 .基因组中TRIM的注释 |
| 2.3 .CACTA转座子的分类 |
| 2.4 .LTR-RTs介导的3’transduction注释 |
| 2.5 .测序数据处理 |
| 3.结果与分析 |
| 3.1 .中国春基因组中的转座子类型及分布 |
| 3.1.1 .中国春基因组包含80%的转座子序列 |
| 3.1.2 .主要TE家族的序列特征 |
| 3.1.3 .LTR-RTs倾向于插入在染色体末端 |
| 3.1.4 .DTC转座子的分类 |
| 3.1.5 .MITE和 TRIM的注释 |
| 3.2 .转座子介导的3’transduction现象 |
| 3.3 .转座子区域的表观遗传修饰分析 |
| 讨论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 |
（9）柽柳（Tamarix chinensis Lour.）LTR类反转座子反转录酶序列的克隆与分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第1章 前言 |
| 1.1 柽柳简介 |
| 1.2 转座子的概述 |
| 1.2.1 转座子的介绍 |
| 1.2.2 转座子的类型及转座方式 |
| 1.3 植物中的LTR类反转座子 |
| 1.3.1 植物LTR类反转座子的分布与转座方式 |
| 1.3.2 植物LTR类反转座子的活性 |
| 1.3.3 LTR类反转座子的功能 |
| 1.3.4 植物LTR反转座子进化上的分类 |
| 1.4 反转座子的传递方式 |
| 1.5 扩增子测序 |
| 1.6 本研究的目的及意义 |
| 第2章 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 柽柳DNA提取 |
| 2.2.2 柽柳LTR反转座子检测 |
| 2.2.3 柽柳DNA扩增子测序 |
| 2.2.4 生物信息学分析 |
| 第3章 结果与分析 |
| 3.1 DNA质量检测 |
| 3.2 LTR反转座子RT序列PCR扩增结果 |
| 3.2.1 Ty1-copia反转座子RT序列扩增结果 |
| 3.2.2 Ty3-gypsy反转座子RT序列扩增结果 |
| 3.3 柽柳LTR类反转座子测序结果筛选及家族聚类分析 |
| 3.3.1 柽柳LTR类反转座子测序结果筛选 |
| 3.3.2 柽柳LTR类反转座子家族聚类分析 |
| 3.4 柽柳LTR类反转座子RT区核苷酸序列分析 |
| 3.4.1 Ty1-copia反转座子RT序列的核苷酸序列分析 |
| 3.4.2 Ty3-gypsy反转座子RT序列的核苷酸序列分析 |
| 3.5 柽柳反转座子RT序列的氨基酸序列分析 |
| 3.5.1 Ty1-copia反转座子RT序列保守域的探寻 |
| 3.5.2 Ty3-gypsy反转座子RT序列的氨基酸序列分析 |
| 3.6 柽柳LTR类反转座子系统进化分析 |
| 3.6.1 Ty1-copia反转座子RT序列的分类和种内系统进化树分析 |
| 3.6.2 Ty1-copia反转座子RT序列的种间系统进化树分析 |
| 3.6.3 Ty3-gypsy反转座子RT序列的分类和种内系统进化树分析 |
| 3.6.4 Ty3-gypsy反转座子RT序列的种间系统进化树分析 |
| 第4章 讨论 |
| 第5章 结论与展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 下一步研究方向 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间发表的学术论文及参加科研情况 |
（10）芸薹属植物功能着丝粒序列组成及进化分析（论文提纲范文）
| 缩略词说明 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 文献综述 |
| 1.1 植物着丝粒研究进展 |
| 1.1.1 着丝粒简介 |
| 1.1.2 植物着丝粒序列 |
| 1.1.3 着丝粒特异蛋白 |
| 1.1.4 着丝粒DNA序列演化机制 |
| 1.1.5 着丝粒序列的研究方法 |
| 1.2 荧光原位杂交技术的简介 |
| 1.3 荧光原位杂交技术的应用 |
| 1.3.1 染色体数目测定 |
| 1.3.2 植物亲缘关系鉴定 |
| 1.3.3 植物染色体物理图谱构建 |
| 1.4 芸薹属植物简介 |
| 1.5 芸薹属基因组学研究 |
| 1.6 本研究的目的及意义 |
| 2 实验材料与方法 |
| 2.1 实验材料及仪器试剂 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 实验试剂 |
| 2.1.3 实验仪器 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 免疫染色实验 |
| 2.2.2 染色质免疫共沉淀实验以及CHIP-DNA建库 |
| 2.2.3 芸薹属六个种的基因组DNA提取(CTAB法) |
| 2.2.4 引物设计 |
| 2.2.5 PCR扩增及PCR产物回收 |
| 2.2.6 荧光原位杂交实验 |
| 2.3 实验数据的获取与分析流程 |
| 2.3.1 CHIP-DNA文库及Input-DNA文库测序 |
| 2.3.2 分析平台 |
| 2.3.3 数据质控 |
| 2.3.4 重复序列聚类 |
| 2.3.5 着丝粒重复序列的筛选 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 芸薹属植物CENH3蛋白特异抗体制备及活性验证 |
| 3.2 芸薹属植物功能着丝粒序列的获取 |
| 3.3 芸薹属植物基因组重复序列聚类分析 |
| 3.4 芸薹属植物功能着丝粒特异重复序列的选取 |
| 3.5 芸薹属植物着丝粒区特异重复序列分析 |
| 3.5.1 白菜(B.rapa)着丝粒特异序列分析 |
| 3.5.2 黑芥(B.nigra)着丝粒特异序列分析 |
| 3.5.3 甘蓝(B.oleracea)的着丝粒特异序列分析 |
| 3.5.4 芥菜型油菜(B.juncea)着丝粒特异序列分析 |
| 3.5.5 甘蓝型油菜(B.napus)着丝粒特异序列分析 |
| 3.5.6 埃塞俄比亚芥(B.carinata)着丝粒特异序列分析 |
| 3.6 芸薹属植物功能着丝粒区序列组成分析 |
| 3.7 着丝粒特异重复序列在芸薹属内的种间演化 |
| 3.8 着丝粒特异的串联重复序列在四倍体中未入侵B基因组 |
| 3.9 讨论 |
| 3.9.1 芸薹属植物基因组含有较高比例的重复序列 |
| 3.9.2 芸薹属植物着丝粒区含有着丝粒特异染色质 |
| 3.9.3 着丝粒特异序列在芸薹属种内演化为禹氏三角提供新证据 |
| 4 小结与展望 |
| 4.1 小结 |
| 4.2 展望 |
| 参考文献 |
| 附表 |
| 攻读硕士学位期间研究成果 |
| 致谢 |
四、植物基因组中的反转录转座子（论文参考文献）
- [1]植物逆转录病毒起源和进化的研究[D]. 王钦. 南京师范大学, 2021
- [2]毛竹反转录转座子分子标记SSAP的开发与利用[D]. 虞莹玉. 浙江农林大学, 2021
- [3]代表性被子植物基因组膨胀研究[D]. 李新玉. 华北理工大学, 2021
- [4]毛竹长末端重复序列反转录转座子的全基因组特征及进化分析[J]. 陈娅欣,周明兵. 浙江农林大学学报, 2021(03)
- [5]苜蓿LTR反转录转座子分析及IRAP分子标记开发[D]. 尹晓凡. 兰州大学, 2021(09)
- [6]枇杷LTR类反转录转座子RT序列的克隆及分析[J]. 罗昌斌,范付华,尚先文. 果树学报, 2021(04)
- [7]CR元件在小麦族的分布及偏穗鹅观草ChIP-seq分析[D]. 陈春舟. 甘肃农业大学, 2020(12)
- [8]小麦中国春全基因组转座元件的特征分析[D]. 郭靖宇. 河南大学, 2020(02)
- [9]柽柳（Tamarix chinensis Lour.）LTR类反转座子反转录酶序列的克隆与分析[D]. 李博. 辽宁大学, 2020(01)
- [10]芸薹属植物功能着丝粒序列组成及进化分析[D]. 欧阳凯. 福建农林大学, 2020(02)